カード決済を実装する手段としては、大きく分けて2つの方法があります。1つは各カード会社と個別に契約を結び、それぞれのシステムと個別に接続させる方法で、もう1つはそれらカード会社と御社ショップとの間に決済代行会社を仲介させることで、ショップはその代行会社のシステムとだけ接続する方法です。
どちらもメリット・デメリットがありますが、一般的にはカード決済代行会社を利用した方が簡単です。
ただ日本のカード決済代行会社はまだ発展途上であるため、かなり高い代行手数料を要求していたり、汎用性のないシステムを用意していたりします。先方の用意してくるシステムとショップとを一体でしか利用できないものも多々あります。勿論先方のショップがよくできていれば問題はないのですが、現実はホスティング会社のオプションサービスと同様、二次的な付加価値を狙ったものでしかありません。
つまりショップ構築のエキスパートでもない会社が、構造上買い物のできるショップを単に提供しているに過ぎません。アメリカでは、このような使い物にならないショップを利用しようという考え自体が薄いため、あくまでもショップはショップ、決済は決済代行会社ときれいに分業化することで、決済代行会社も発展してきました。彼らの仕事はあくまでも決済であり、その仕組みとしてGatewayと呼ばれる、マーチャントアカウントとの接続モジュールを汎用的な形で利用可能にして、環境に依存することなく、どんなショップとでも親和性を高めるようにしています。
日本ではこのようなスタンスの会社はまだ非常に少なく、弊社は円決済であれば、ベリトランスという会社をお勧めしています。(それ以外ではまだ、まともに見つかっていないというのが理由です。)